Archive

Archive for the ‘Genetika’ Category

First Step: Eijkman Institute

December 4, 2014 4 comments

DSC_0026

Cerita ini udah lama pingin gw tulis, tapi karena satu dan lain hal (skripsi dan males) maka baru bisa nulis hampir 3 tahun setelah kejadiannya. Sekarang gw sedang di Perpustakaan Eijkman, memandangi taman dan air mancur di seberang gw.

–Awal Mula–
“Ini ya perjuangan mau masuk Eijkman…” kata gw sambil ngos-ngosan
“Haha… bener juga ya” sambut si nteph
“Haha…” Anis cuma ketawa

Ya, siang itu, gw dan nteph (nama aslinya Stephany) dan Anis, sedang lari-larian naik tangga ke lantai 4 gedung Biologi UI. Mau diskusi sama Pak Anom ceritanya. Kita berdua baru aja dapet kabar kalo ada lowongan penelitian skripsi di Lembaga Eijkman. Tentulah kita ngga mau ketinggalan kesempatan itu. Soalnya Lembaga Eijkman salah satu lembaga biologi molekular dengan fasilitas yang lengkap. Gw juga sebelumnya udah survey dan diajak keliling lab. Di saat itu gw merasakan udara dingin di sekitar kaki gw dan gw tau Lembaga Eijkman merupakan tempat yang tepat buat gw penelitian. Oiya… memang gw kalo lagi milih sesuatu dan merasa akan cocok, gw akan merasakan udara dingin di sekitar kaki gw, ga tau kenapa. Mungkin kayak gut feeling tapi ini di kaki. Udah beberapa kali pas milih SMA dan pas milih kosan. Mungkin pas milih jodoh juga nanti (kalo ada pilihan ya hahaha).

Jadilah gw dan nteph diskusi dengan Pak Anom soal bagaimana menghadapi interview sebelum masuk Eijkman. Ya standar lah harus baju rapi, pakai sepatu, tepat waktu dan lain lain. Lab yang akan kita lamar ini lab mikrobiologi dengan kepala lab pak Dodi Safari. Gw udah membayangkan namanya lab mikrobiologi pastilah strict dan kepala labnya galak. Terbersit dipikiran gw mungkin Pak Dodi ini kayak Bu Ariyanti kepala lab mikrobiologi UI, cuma bedanya Pak Dodi pasti bapak-bapak. Tapi yaudahlah, kalo kata Abah dulu, jika mau angkat beban 10 kg maka latihannya dengan beban 20 kg. Maka kujajal saja kesempatan ini biar rusuh.

–Hari Wawancara–

Ya… hari wawancara kita ngga ada yang telat. Dipersilakan nunggu di lobby Eijkman yang kecil dan berpenerangan lampu kuning. Gedung Eijkman memang peninggalan zaman belanda, bahkan masih ada medali tua dengan wajah Prof. Eijkman nya sendiri yang ditempel di dinding. Sempat ditutup pada tahun 1950 karena sentimen negatif bangsa Indo terhadap Belanda, namun dibuka kembali oleh Pak B.J. Habibie yang luar biasa dan menitipkan restorasi lembaga ini kepada Prof. Sangkot Marzuki. Bersama Prof. Sangkot Marzuki, datang Prof. Herawati Sudoyo. Beliaulah yang bertanggung jawab pada tata ruang Eijkman, sehingga lembaga ini ngga cuma canggih tapi juga esteti k.

Balik lagi, pak Dodi akhirnya muncul. Diluar dugaan, perawakannya kecil, kulitnya putih, dan wajahnya ramah, beliau nanya udah lama nunggu. Kita bilang ngga. Dibawalah kita ke kantin Eijkman, mesti lewat pintu dengan kunci sidik jari dulu. Kami duduk di kantin Eijkman, jangan bayangin kantin yang rame dan bayak orang jualan. Kantin Eijkman lebih mirip ruang makan dengan dinding kaca, dibalik dinding kaca itu ada taman, pepohonan, dan kolam. Pak Dodi mempersilakan kita duduk, dan mulai mengenalkan diri. Wawancaranya ternyata biasa aja, ngga pake bahasa Inggris yang selama ini gw takutin. Pak Dodi cuma tanya soal kabar, minat, dan menjelaskan soal penelitian yang akan diberikan nanti. NAH… tapi… jeng jeng jeng cuma ada slot buat dua orang! Pak Dodi bilang “saya ngga bisa memutuskan siapa yang akan ikut penelitian, mohon kalian bicarakan di antara kalian.” Waaaaa… gw kan pingin penelitian di Eijkman, tapi gw juga ngga tega misahin Nteph dan Anis, mereka kayak adek kakak. Tapi pak Dodi menambahkan kalo dia akan mencarikan slot di laboratorium lain.

–Kabar dari Pak Dodi–

Selang beberapa hari, SMS Pak Dodi datang, ada lowongan!! di laboratorium mitokondria dengan pembimbing Ibu Safarina G. Malik. Nama ini sebenernya ngga asing buat gw, entah pernah gw baca di mana. Tapi gw akhirnya pergi lagi menemui Pak Anom untuk minta pendapat.

“Pak, ini di Lab Mitokondria Eijkman ada lowongan, pembimbingnya Bu Safarina G. Malik.” kata gw
“Lha itu bukannya ibu temen kamu, siapa namanya tuh… si Sasha, terus kakaknya juga ada di Farmasi, Ibu Amarila Malik” kata Pak Anom

Oooohhh… pantes gw kayak pernah tahu nama itu. Gw pernah nanya sama si Sasha saat lagi JJZ (Jalan Jalan Zygomorphic) ke Anyer.
“Sya, ibu lw gw denger peneliti di Eijkman ya? Namanya siapa?” tanya gw
“Iya, emang kalo gw sebut namanya lw kenal ji?” bales Sasha. Ini anak emang preman, jadi ga bisa ngarep jawaban yang lembut dan sopan.
“Ya gapapa kan kalo gw ga tau juga.” kata gw
“Safarina G Malik, kenal ga?” jawab Sasha.
“Ngga” tutup gw

Nah jadi itulah dia. Oke gw mikir, pasti Ibu Safarina mirip anaknya, tukang bully, jalannya diseret, dan cuek. Gw rasa gw akan pilih Pak Dodi. Cuma Pak Anom bilang,
“Mendingan lw jangan misahin Stefi dan Anis, gw khawatir sama si Anis kalo dia sendiri. Yang gw denger personal Bu Ina memang agak tegas, tapi kalo lw keluar dari labnya pasti jaringan lw dikalangan peneliti lebih kuat. Lagipula kalo kata Orang Jepang mendidik itu seperti membuat katana, harus dipanaskan dan dimartil, supaya bisa tajam dan mengkilap” nasihat pak Anom.
Gw ga tau apakah memang Pak Anom sincere bilang begitu karena beliau pingin liat gw tajam dan mengkilap atau memang supaya gw mau ke Bu Safarina sendiri so ngga ribet. Tapi toh akhirnya gw bilang,”Okelah pak saya yang akan ke Bu Safarina.”

…. seriusan pas gw nulis ini di perpus Eijkman, tiba-tiba Sasha muncul di belakang gw (dia lagi magang di Lab Mikro sama Pak Dodi), bilang kalo Ibu Ina (panggilan Ibu Safarina) nyari gw …. panjang umur nih Ibu Ina dan Sasha…

–Menghadap Bu Ina–

Kalo ngga salah hari itu hari kamis, Februari 2012. Gw ke Eijkman lagi, sendirian kali ini untuk ketemu dengan Bu Ina. Janjian jam 10.30, tapi gw dateng jam 10. Bener aja pas jam 10.30, gw dipanggil ke Lab mitokondria atau biasanya disebut lab 1. Konon ini lab pertama yang dibuka di Eijkman. Banyak kepala lab di Eijkman dulunya kerja sebagai asisten riset di Lab 1, di bawah kepemimpinan Prof. Herawati. Lab ini besar, alat-alatnya lengkap, suasananya tenang. Ruangan Bu Ina ada di dalam Lab 1.

“Assalamu’alykum Bu” salam gw
“Wa’alykumsalam, oh kamu Fauzi ya, saya Ina. Silakan duduk.” jawab Bu Ina
“Terima kasih bu.” jawab gw sopan.

Kesan pertama yang gw dapet ketika lihat bu Ina, “JANGAN MAIN-MAIN DENGAN IBU INI”. Bukan karena tampangnya galak kebalikannya justru Bu Ina itu cantik dan ramah, tapi hmm apa ya… lw tau kan ketika lw liat mata orang ada kesan fierce atau wibawa. Nah itu lah ibu Ina.
Ruang kerja Bu Ina penuh skripsi, disertasi, buku, dan foto-foto. Kebanyakan foto keluarganya. Meskipun penuh, namun ruang tersebut bersih dan jauh dari kesan sumpek. Diantara foto itu, ada foto Sasha, dan yang paling menarik minat gw ada foto bu Ina sedang main cello. Rupanya Bu Ina sadar kalo gw sedang memperhatikan foto-foto itu. Beliau pun nanya.

“Kamu kenal Sasha kan anak saya?” tanya Bu Ina.
“Kenal bu, saya seangkatan. Tapi keliatannya arah penelitian Sasha ngga ke laboratorium ya bu” jawab gw
“Iya… dia lebih suka ke hutan dan gunung.” kata bu Ina sambil ketawa
“Dan Ibu bisa main alat musik juga?” tanya gw, kepo.
“Iya saya itu lagi main cello.” jawab Bu Ina

Ternyata Bu Ina itu ngga hanya bisa main cello, tapi juga piano. Ada piano di cafetaria Eijkman (elegan abis ini lembaga),dan suatu pagi ketika gw mau ke ruang sterilisasi, gw denger piano itu lagi dimainkan, rupanya Bu Ina. Di depannya ada beberapa lembar note musik. Tapi bu Ina cuma main ngga sampe satu lagu, beliau kemudian menggelengkan kepala, dan pergi. Rupanya saat itu ibu Ina sedang mengetes piano itu kalau kalau perlu di servis.

Balik lagi…

“Jadi kamu akan magang aja atau sama penelitian di sini?” tanya Bu Ina
“Kalo bisa sampe penelitian bu” Jawab gw
“Hmm jadi tema penelitian saya…” dan bu Ina menjelaskan mengenai mitokondria, diabetes, kelainan genetik yang membuat orang obesitas, dan malaria
“Gimana kamu tertarik?” tanya Bu Ina
“Iya bu saya tertarik, kayaknya dengan penelitian ini saya juga bisa menjawab kenapa saya selalu kurus” canda gw
“Hahaha… bagus kamu bilang tertarik, kalo ngga udah gw tendang lw dari sini” kata Bu Ina

Itulah pertama kali gw diskusi dengan Ibu Ina. Gw sadar mungkin ketika gw bilang “Okelah pak saya yang akan ke Bu Safarina” ke Pak Anom merupakan saat dimana gw menentukan karir ke depan gw, bukan hanya sebagai peneliti tapi juga mengenai bidang penelitian yang akan gw dalami. Di Eijkman, gw ngga cuma belajar tentang teknik teknik lab, tapi yang paling penting adalah common sense (baca: kamen sen) dalam dunia laboratorium. Mungkin gw akan tulis lagi soal perjalanan gw di Eijkman, susah dan senang nya. Yah ntar tapinya yak… kita PCR dulu…

Categories: Genetika, Kesehatan Tags: ,

Lembaga Biologi Molekular Eijkman

October 14, 2013 Leave a comment

Eijkman Institute

Lembaga Biologi Molekular (LBM) Eijkman, mungkin nama ini kurang dikenal oleh orang awam, tapi bagi orang yang telah berkecimpung di dunia biologi molekular dapat dikatakan kuper jika tidak tahu apa itu lembaga Eijkman. LBM Eijkman merupakan salah satu lembaga penelitian tertua di Indonesia. Keberadaan Eijkman tidak hanya kaya akan ilmu pengetahuan, tetapi juga sejarah yang membanggakan. Itu semua bermula dari seorang ilmuwan kompeni bernama Cristiaan Eijkman yang mendirikan suatu lembaga penelitian di daerah Salemba, Jakarta Pusat, sekitar tahun 1988. Di antara sekian banyak penelitian yang dilakukan di Eijkman pada saat itu, mungkin yang paling terkenal ialah penelitan mengenai asosiasi antara vitamin B dengan penyakit beri-beri. Penelitian tersebut tidak hanya merupakan penelitian pertama mengenai vitamin, namun juga mengantarkan Cristiaan Eijkman menjadi penerima nobel.

LBM Eijkman sempat ditutup oleh pemerintah sekitar tahun 1950an ketika animo anti-belanda sedang pada puncaknya. LBM Eijkman pun dimerger dengan RS  Cipto Mangunkusumo yang berada di dekatnya. Namun, pada tahun 1992, B.J. Habibie berinisiatif untuk membuka kembali dan memercayakan Prof. Sangkot Marzuki sebagai direktur utama. Keberhasilan tim forensik LBM Eijkman, dipimpin oleh Prof. Herawati Sudoyo, dalam mengungkap pelaku insiden bom di kedutaan besar Australia pada tahun 2004 kembali mengharumkan nama LBM Eijkman.

Kini LBM Eijkman berfokus pada penelitian-penelitian dasar mengenai penyakit tropis, seperti malaria, dan penyakit genetis, seperti thallasemia. Pada tahun 2008, Eijkman berkerja sama dengan Oxford University mendirikan suatu divisi yang diberi nama Eijkman-Oxford Clinical Research Unit atau disingkat EOCRU. LBM Eijkman juga bekerja sama dengan beberapa NGO seperti World Wildlife Fund (WWF), World Conservation Society (WCS), dan Frankfurt Zoological Society (FZS) dalam usaha konservasi hewan-hewan langka.

Categories: Genetika

Respon Adaptif Plasenta dan Fetal Programming

February 26, 2012 Leave a comment

Plasenta memiliki beberapa fungsi terhadap janin yang diselubunginya yaitu membentuk sistem imun, mentransportasi nutrien dan zat buangan, dan memprogram fetus dengan mengatur sitem hormonal dan substrat. Plasenta, dengan fungsi demikian, memiliki peran penting dalam fetal programming, seperti mengubah pola hormon dan substrat yang penting terhadap perkembangan janin. Perkembangan janin secara langsung memengaruhi potensi penyakit yang akan diderita janin saat dewasa.

Tahapan penting yang terjadi pada perkembangan plasenta ialah ketika plasenta mengembangkan efisiensinya menjadi 40 kali lipat dibanding semula. Peningkatan efisiensi tersebut didasari pada beberapa aktivitas plasenta, yaitu peningkatan volume vili hingga sepuluh kali lipat, peningkatan luas permukaan trophoblast dari 0.08 m2 menjadi 12.5 m2, penipisan trophoblast dari 18.9 hingga 4.1 mikrometer, dan pemendekan jarak maternal-fetal diffusion dari 55.9 ke 4.8 mikrometer. Gangguan pada tahapan tersebut dan waktu terjadinya gangguan dapat memengaruhi fungsi plasenta. Gangguan selama angiogenesis memiliki efek yang berbeda dengan gangguan selama pertumbuhan dan diferensiasi trophoblast.

Beberapa kecaman yang dapat memengaruhi perkembangan plasenta ialah kecaman oksidatif dan kecaman nitratif. Kecaman okdatif terjadi pada minggu 10-12 akibat terbentuknnya pembuluh darah,sehingga trophoblast terpicu untuk melakukan diferensiasi .Kecaman oksidatif tidak terlepas dari kinerja mitokondria yang melakukan proses oksidasi untuk memenuhi kebutuhan energi sel. Proses oksidasi terebut menghasilkan radikal bebas, sehingga kekuatan kecaman oksidatif dapat diketahui dengan mengukur  kandungan superoksida dan nitrooksida. Nitrooksida dapat membentuk pro-oksidant peroksinitrit yang dapat menambahkan gugus nitrat pada asam amino, sehingga enzim dapat kehilangan fungsi katalisisnya.

Perkembangan plasenta tidak dapat dilepaskan dari faktor genetik yang berasal dari paternal dan maternal. Uniknya, kedua sumber gen tersebut bekerja secara antagonis pada pertumbuhan plasenta. Gen paternal memicu pertumbuhan plasenta, salah satu contoh gen paternal ialah Ata3 yang mengode transporter asam amino. Gen maternal berfungsi dalam menghambat pertumbuhan plasenta, salah satu contoh Impt/Slc22all yang mengode transporter ion organik. Dengan kedua sumber gen tersebut, pertumbuhan plasenta dapat tetap seimbang.

Glucocorticoid adalah hormon steroid regulator glukosa yang disintesis di korteks adrenal. Cortisol merupakan contoh dari glucocorticoid. Dengan mengatur kandungan glukosa, glucocorticoid juga mengatur perkembangan dan pertumbuhan janin. Paparan yang berlebihan dari hormone glucocorticoid memnyebabkan hipertensi, hiperglikaemia, dan HPAA. Gen pengode regulator hormone, dalam mekanisme ini berupa enzim, itu ialah 11betaHSD.

Sifat Multifaktorial

January 27, 2012 Leave a comment

Sifat terekspresi, dalam bahasa genetika dikenal dengan fenotip, merupakan gabungan antara gen dan faktor lingkungan. Beberapa orang menambahkan pengalaman (experience) sebagai faktor yang memengaruhi fenotip. Namun, tidak semua fenotip dipengaruhi oleh gabungan gen dan lingkungan. Beberapa fenotip seperti warna mata hanya dipengaruhi beberapa gen, sedangkan beberapa yang lain dipengaruhi oleh satu gen saja. Hal tersebut tentu memengaruhi pewarisan sifat-sifat tersebut, sehingga fenotip dibagi menjadi sifat mendelian (satu gen), sifat poligenik (beberapa gen), dan sifat multifaktorial (satu atau beberapa gen dipengaruhi lingkungan).

Sifat mendelian sangat jarang ditemukan pada manusia, namun salah satu contoh dari sifat mendelian ialah kemampuan menbaui hidrogen sianida. Pewarisan sifat mendelian mengikuti hukum Mendel 1. Beberapa sifat yang dahulu diduga mendelian ialah warna mata, yang ternyata dipengaruhi oleh beberapa gen (poligenik). Warna mata diatur oleh tiga jenis gen warna; biru, coklat, dan abu. Warna biru hanya dapat terekspresi jika tidak terdapat pengkode warna lain pada genotip seseorang. Sedangkan warna abu tertutup oleh warna coklat. Pewarisan dari sifat poligenik mengikuti hukum Mendel 1 namun dengan kalkulasi yang lebih rumit. Hal tersebut karena tiap gen saling berinteraksi dalam ekspresi.

Kebanyakan dari fenotip manusia merupakan sifat multifaktorial karena lingkungan berpengaruh dalam ekspresinya. Ekspresi dari gen tersebut pun bersifat aditif atau bergradasi, bukan ekspresi ada-atau-tidak. Sebagai contoh sederhana ialah warna kulit. Warna kulit merupakan dampak dari kandungan melanin dalam kulit. Produksi melanin merupakan respon tubuh terhadap radiasi matahari mengingat melanin berfungsi melindungi sel kulit. Sehingga terdapat beberapa orang kulit putih yang memiliki nada kulit yang kecoklatan setelah berjemur. Tingkat warna coklat kulit pun berbeda-beda bergantung dari sebarapa lama orang tersebut berjemur atau sebarapa banyak gen pengkode melanin di dalam genotip seseorang.

Pewarisan sifat multifaktorial sulit untuk diprediksi dengan hukum Mendel, sehingga disusun metode lain untuk menduga sifat tersebut. Metode-metode tersebut ialah empiric risk, adopted child studies, twin studies, dan heritability.